První písemnou zprávu o kostele ve Vlčnově nacházíme v listině dominikánského kláštera v Olomouci z roku 1373. Avšak gotický portál pod věží dosvědčuje, že kostel vznikl již v polovině 13. století. Kostel byl založen cisterciáckým klášterem. Je také možné, že vlčnovští faráři byli i členy velehradského kláštera. Jak kostel vypadal, se dovídáme teprve z děkanské matriky ze 17. století.
        Kostel byl vybaven dvěma oltáři: hlavní oltář byl k poctě sv. Jakuba s malovaným a pozlaceným oltářním obrazem vedlejší oltář byl menší, bez bližšího označení. Dále se zde nacházel menší presbytář se svatostánkem,krátká chrámová loď a dřevěná věž s jedním zvonem. U hlavního oltáře byla zazděna deska s nápisem , že tam dne 9. 1. 1560 byli pochováni oba synové Matouše mladšího z Kunovic. Tato deska je ve staré kapli dodnes. Roku 1779 byla provedena první přestavba chrámu. Tehdy byl postaven zcela nový a větší presbytář, aby se tak získalo více místa pro lidi. Celý kostel dostal novou klenbu a kamennou čtvercovou dlažbu. Byla postavena nová zděná věž se třemi zvony. Jeden zvon byl vyroben už roku 1597 a nesl nápis: 'Slovo Boží zůstává navěky'. Nyní už se v kostele nacházely tři oltáře. Hlavní oltář vynikal kvalitní barokní úpravou, sloupovou architekturou s nástavcem. Po stranách sloupů byly umístěny plastiky apoštolů Petra a Pavla. Oba boční oltáře mají pilastrovou oltářní architekturu se zlacenými hlavicemi. Na postranních volutách se zvedají plastiky andílků. Mezi presbytářem a lodí stávala dřevěná kazatelna a naproti ní křtitelnice. Kostelní loď vyplňovaly lavice.
        Protože kostel ani v této velikosti nestačil potřebám věřícího lidu, byla roku 1894 založena Jednota pro vystavění farního chrámu Páně ve Vlčnově.Roku 1928 se započalo se stavbou nového kostela. Plány zhotovil prof. ing. Vladimír Fischer z Brna. Po slavnosti Božího těla, 8.června 1928, se přikročilo k odbourání středu kostela, kostelní i věžní střechy. Práci zednickou, tesařskou i kamenickou provedl stavitel O. Jedlička z Uh. Hradiště. Během kopání základů se v hloubce 1 - 1,5 m narazilo na osárium (kostnici).
        Základní kámen novostavby byl 25. června 1928 položen v základech nového presbytáře. Původní kostel byl presbytářem situován na východ, nový presbytář je na severní straně, kolmo na stavbu starého kostela. Celý kostel je tedy ve směru severojižním. Presbytář bývalého kostela je ponechán jako boční kaple, které se od té doby říká 'stará kaple'. Stavba nového kostela byla dokončena ještě v roce 1928, svěcení chrámu se konalo 29. června 1929.
        V současné době je nejstarší část kostela památkově chráněná.