Zdounky se poprvé připomínají v roce 1298, za Alberta ze Zdounek, jehož jméno se vyskytuje v pramenech až do roku 1328. Byl to moravský komoří. Původ jména Zdounky je odvozován z latinsko-německého zápisu z roku 1298, kde stojí název de Doneken. V dalších stoletích se pak objevuje v nejrůznějších variantách - 1333 de Donka, 1368 in Sdunka, 1375 de Wzdunek, 1406 Vzdúnky, 1483 Zdunky, 1510 Zdaunky, z roku 1573 je znám tvar na Zdunkách i městečko Zdaunky. Více o původu názvu v Historii jména města Zdounky. Ve 14. století patřily Zdounky pánům z Holštejna. Dobu vzniku zdejší tvrze neznáme. Existovala však určitě ve 14. nebo nejpozději na počátku 15. století. V listu markraběte Jana z roku 1358 jsou Zdounky jmenovány městečkem. Zdounky tedy ve 14. století nebyly zcela bezvýznamnou osadou. Byly centrem nevelkého panství a sídlem vrchnosti. Ta svým poddaným vládla z tvrze, jejíž existence je připomínána poprvé roku 1406. V roce 1406 Ondřej z Pavlovic pohnal před soud Albrechta ze Šternberka a z Lukova, že mu zabral zdounskou tvrz, kterou si cenil na 150 hřiven. Přibližně můžeme stanovit, kdy byla tvrz zpustošena; stalo se tak pravděpodobně v roce 1423, kdy zde sídlil Štěpán z Holštejna a Vartnova, přívrženec krále Zikmunda a katolické strany. Při tažení husitů na Moravu, kdy dobyli Kroměříž, pobořily asi husitské čety kolem roku 1423 i městečko a tvrz ve Zdounkách. Nasvědčuje tomu Zikmundův zápis z 10. září 1429, podle kterého zastavil Štěpánovi hrad Cimburk náhradou za škody, jež utrpěl na své tvrzi ve Zdounkách. Rod pánů z Holštejna a Vartnova vlastnil Zdounky až do roku 1480. V roce 1520 prodal Jan z Lomnice  zdounecké panství Hynkovi z Kunčic. O 3 léta později, tedy v roce 1523 Hynek z Kunčic prodal Zdounky Václavu ze Žerotína a na Buchlově. Tehdy, i v roce 1520, se mluví o zdejší tvrzi jako o zaniklé (hovoří se o pustém kopci). Tvrz stávala zřejmě za kostelem, podle tvaru terénu, a také podle silného zdiva, které bylo nalezeno při úpravách kostela v roce 1934. V úvahu se bere i místní podání, které toto místo nazývá Hrubé valy, nebo Na valech, což by mohlo připomínat dřívější opevnění.
      V polovině 16. století vybudoval Petr Čertorejský z Čertorej, který koupil Zdounky v roce 1542 od synů Václava ze Žerotína, v obci novou tvrz. Nasvědčuje tomu i okolnost, že v roce 1561 při prodeji panství Erazimovi z Bobolusk se vypočítává mezi příslušenství také tvrz. Nestála však v předpokládaných místech staré tvrze, tj. v blízkosti kostela, ale v místech dnešního zámku.  Panský pivovar je ve Zdounkách připomínán roku 1560. Erazim z Bobolusk odkázal před svou smrtí v roce 1564 Zdounky Jáchymu Zoubkovi ze Zdětína, podkomořímu Markrabství moravského, který patřil k zámožnější vrstvě moravského rytířstva. Ten přebudoval začátkem 17. století dosavadní tvrz v renesanční obdélníkový zámek. Také v roce 1570 přistavěl věž ke zdejšímu kostelu. Svědectví o tom si můžeme přečíst na osazené pamětní desce : ANNO. MDLXX. VROZENY. A STATECZNI. RITIRZ. PAN. IOACHIM. ZAVBEK. ZE. ZDIETINA. A. NA ZDVNKACH. PODKOMORZI. MARGKRABSTWI. MORAWSKEHO. TVTO. WEZI. KE CTI. A CHWALE. PANV. BOHV. A PANNE. MARII. DAL. POSTAWITI. Text doplňují reliéfy rodových erbů stavebníka a jeho třetí manželky, Aliny Prusinovské z Víckova. Poslední majitelka Kateřina Zoubková ze Zdětína (zemřela 1636) odkázala  r.1635 Zdounky jezuitskému řádu k založení nové koleje na Moravě; ta byla zřízena v roce 1636 v Kroměříži a po vpádu Švédů v roce 1643 přenesena do Uherského Hradiště. Nejstarší známá zdounecká pečeť je poměrně pozdní. Je datována do roku 1646 a má průměr 34 mm. V pečetním poli nese renesanční štít a na něm dva zkřížené předměty, položené rukojeťmi dolů. Nad štítem je umístěna čtyřlistá květina. Opis kapitálou je latinský a sděluje: SIGILLVM . OPPIDI . ZDAVNEK . 1646 . Vyobrazení předmětů neni zcela zřetelné, přesto se však patrně jedná o sladovnické korce (sypeny, šoufky). Vyskytl se rovněž názor, že může jít o neuměle zkřížené vinařské nože. V zásadě jsou možné obě varianty, neboť obě odrážejí kdysi významné zaměstnání obyvatelstva. V majetku hradišťské koleje zůstaly Zdounky až do zrušení řádu v roce 1773. V druhé polovině 17. století jezuité dosavadní chátrající zámek zbarokizovali, čímž v podstatě získal dnešní podobu. V prvém poschodí byla vybudována barokní kaple řádového světce Ignáce z Loyoly, dokončená v roce 1661. Po zrušení řádu získali nakonec Zdounky r. 1806 hrabata z Lambergu. Po zrušení řádu za císaře Josefa II. připadly Zdounky studijnímu fondu, který je v roce 1804 prodal dosavadnímu nájemci Antonínu Valentinu Kaschnitzovi z Weinbergu; ten je však v roce 1806 postoupil hraběnce Arnoštce Lamberkové, rozené Salm-Neuburkové. Noví majitelé přestavěli zámek v polovině 19. století, zejména v interiérech, kdežto vnější podobu ponechali. Poslední Lambergovna - Leopoldina, postoupila Zdounky r.1889 své dceři Marii Josefě a jejímu choti, knížeti Bedřichovi Arthurovi Thurn -Taxisovi. Po něm dědila jeho dcera Marie, provdaná hraběnka Strachwitzová. Posledním majitelem zámku i panství byl Hugo Bedřich Strachwitz, jemuž byl v roce 1948 zkonfiskován.

Náhrobek Jáchyma Zoubka ze Zdětína